Dans cette maladie, le myocarde (muscle cardiaque) est hypertrophié, de sorte qu'une partie du cœur est agrandie. De plus, des battements de cœur irréguliers (arythmie cardiaque) sont un symptôme typique. Dans cette maladie, il y a également une augmentation de la pression dans les oreillettes du cœur et dans le système veineux. Par conséquent, le sang stagne également dans les poumons et il y a un flux sanguin excessif. Cela peut également se manifester par des douleurs thoraciques, semblables à celles de l'angine de poitrine.
En outre, la personne a du mal à respirer, ce qui est difficile. Dans certains cas extrêmes, les poumons peuvent même gonfler. En cas d'activité physique excessive, les personnes atteintes de cardiomyopathie hypertrophique peuvent également présenter des troubles de la conscience, notamment une perte de conscience de courte durée. L'un des symptômes atypiques de la maladie est ce que l'on appelle un épanchement pleural dans le thorax, entre la plèvre et les poumons. Cette affection est toutefois très rare.